先梳理合作清单
把企业与高校、科研院所之间的合作逐项列出，标注合作方、合作内容、起止时间、是否有书面协议、是否产生实际成果。清单的作用是先看清哪些合作有材料支撑、哪些只有口头约定。
对没有书面协议的合作，优先补签或取得合作方出具的说明；对已经结束的合作，保留结题或验收类记录。清单整理后再决定哪些合作写入申报材料。
协议内容的核对要点
合作协议应能看出合作各方、合作内容、权利义务、知识产权归属和费用安排。核对时重点看协议签署主体与申报主体是否一致，协议内容与企业主营业务、申报项目是否相关。
框架协议与具体项目协议并存的，注意两者之间的对应关系，避免出现协议内容宽泛、无法说明具体合作事项的情况。涉及多方合作的，明确各方角色，不要只提供一方盖章的文件。
过程记录与成果佐证
合作过程记录包括会议纪要、往来函件、人员互访记录、联合培养记录等，能够反映合作的实际发生。成果佐证包括联合发表、共同申请知识产权、技术转让或委托开发形成的交付物。
成果类材料应能说明企业与合作方各自的贡献，避免只提供合作方单方出具的材料。涉及知识产权共有的，保留共有协议或约定文件，明确权属和使用方式。
归档与一致性检查
按合作事项建立文件夹，把协议、过程记录、成果佐证、费用凭证放在一起，形成一事一档。归档时标注材料形成时间，便于按时间线核对合作是否连续。
提交前做一致性检查：申报表中填写的合作方名称、合作内容与协议、成果材料是否一致，合作时间是否落在申报要求的区间内。发现不一致的，以原始协议为准修正申报内容。